El ácido hipocloroso es una molécula de cloro libre con la estructura química HOCl. Es la especie de cloro libre dominante en las soluciones de cloro que tienen un pH ligeramente ácido a neutro. HOCl es un oxidante mucho más poderoso que el hipoclorito de sodio (o lejía).

El ácido hipocloroso es producido naturalmente por los glóbulos blancos de todos los mamíferos. Es utilizado por los glóbulos blancos para matar los patógenos microbianos invasores.

El ácido hipocloroso (HOCl) es una molécula con carga neutra. Las bacterias tienen paredes celulares cargadas negativamente. Al igual que los imanes, las moléculas con la misma carga se repelen entre sí. Por ejemplo, la molécula de lejía cargada negativamente (OCl-) es repelida por las paredes celulares bacterianas. Este no es el caso con HOCl que está cargado de forma neutra. HOCl penetra fácilmente en las paredes celulares bacterianas. El HOCl oxida las paredes celulares matando a las bacterias o ingresa a través de las paredes celulares y destruye los componentes vitales dentro de las bacterias.

A diferencia de muchos otros productos químicos de saneamiento, el ácido hipocloroso no tiene un efecto antimicrobiano continuo. En otras palabras, una vez que aterriza en una superficie, reacciona con cualquier germen o materia orgánica en esa superficie y luego se desactiva inmediatamente. Esto es bueno y malo. Es bueno porque permite el saneamiento sin requerir un enjuague posterior porque no quedan productos químicos tóxicos. La desventaja es que tiene que ser aplicado continuamente.